就在所有人的视线都集中在南北双方巴尔的摩战役的时候，密苏里州的战事又重新燃起。只不过，这一次与上次密苏里州独立时的战事不同，主动向联邦密苏里州战区指挥官纳撒内尔莱昂准将率领的数千联邦军队发起进攻的，不是密苏里州州长杰克逊组建的爱尔兰独立军和前州长普赖斯组建的密苏里州民兵，而是一支不知何时出现的由三千爱尔兰步兵和五千印第安人以及六千名瘦小的似乎是东方人面孔的军队组成的联合军队，还有近二千多名黑人奴隶跟随着可能充当民夫之类的，自称是河西联合军团。
这个河西联合军团，人数虽然只是一万四千人，实际上只相当于一个师的兵力，但作战凶悍异常，比最难缠的南部联盟国北弗吉尼亚军团中的最英勇善战的杰克逊师还要勇猛。莱昂准将率领的数千联邦军队在圣路易斯城抵挡了数次杰克逊组建的爱尔兰独立军进攻，也丝毫没让普赖斯的密苏里州民兵占得丝毫便宜，但这次被这河西联合军团不到三小时的进攻，便告溃败。防御严密的圣路易斯城，硬生生地被这个河西联合军团攻克，甚至连莱昂准将也只来得及匆匆派人向驻守在伊利诺斯州中部重城斯普林菲尔德的弗里蒙特将军求援，便在渡河逃跑时被火炮击中，命丧密西西比河中。
而后，密苏里州整个靠近密西西比河一带的联邦军队零散的主力全部被这支河西联合军团以秋风扫落叶般清扫干净，其他的密苏里州拥护联邦的势力全部被州长杰克逊组建的爱尔兰独立军逐渐清除，整个密苏里州完全被爱尔兰独立军掌握下来。
弗里蒙特接到密苏里州联邦军队溃败的消息时，整个密苏里州，也就是密西西比河以西地区，已经没了联邦军队的容身之地。
而弗里蒙特恰好这个时候收到联邦首都华盛顿被南部联盟军队攻占，连林肯总统也被刺杀的消息，一下便觉得大势已去，便不再理会密苏里州之事，而只是严密防守密西西比河东岸，摆出一副防守的姿态来。
事实上，河西联合军团的一名叫陆二男的使者写了封信给弗里蒙特，要求双方以密苏里州和伊利诺斯州的天然分界线——密西西比河为界，互不进攻。弗里蒙特因为军队未经多少训练，加上南部联盟军队正从华盛顿出发朝巴尔的摩进攻，形势未明朗，便采取观望来，但他也不正面回应这个叫陆二男的爱尔兰使者。
不过可惜的是，弗里蒙特到目前为止，还不知道密西西比河西岸的自己真正的对手到底是谁。他还没搞清楚这个所谓的河西联合军团指挥官是谁。他只能从联合军团的字面上，和溃逃到斯普林菲尔德的莱昂手下士兵了解到，敌军是由爱尔兰人、印第安人和似乎是东方华人组成的一支联合军队。
他只能发出电报将此信息发给如今的联邦首府费城，上报战争部长埃德温斯坦顿和国务卿西华德，请求内阁们向东方的中华帝国提出抗议，将这种行为视同为向美利坚联邦宣战！
不过，就在他电报刚刚发出不久，一直得不得回应的陆二男竟然派人送来一封警告信，信中声称，他们河西联合军团并非南部联盟军队，而是属于密苏里共和国独立的军队。任何进入密苏里州的外来势力，无论是北方的美利坚联邦军队，还是南方的美利坚联盟军队，都视其为外敌入侵，河西联合军团将在密苏里州110万民众的支持下，将其击溃。同时，信中还解释了河西联合军团的士兵，是由三个独立步兵旅构成：日本人占多数的的雇佣兵步兵旅、印第安猎兵旅、爱尔兰步兵旅。
弗里蒙特这才反应过来，那些东方人面孔的士兵原来是日本雇佣兵。日本，他好像听说过知道，几年前海军军校校长佩里准将曾经去过那里，最终惨败的一个东方岛国。可日本人什么时候出现雇佣兵了，一直以来都是听说欧洲国家如瑞士等有出名的雇佣兵，从未听说过东方的日本有什么雇佣兵？而且，这个日本雇佣兵，怎么会突然出现在密苏里州？
弗里蒙特百思不得其解。只是，如今不是疑惑的时候。
不过，他知道原来这密苏里州打的主意，竟然是趁着南北内战的时机进行独立。虽然密苏里州想要叛离联邦政府，但毕竟没有加入投靠南部联盟国，而目前联邦最大的敌人似乎是南部联盟国，因此，他没再想进攻密苏里州，只是列兵防守密西西比河东岸。转而，向费城的内阁再次发一封电报，告知密苏里州的事情。
1861年7月中旬，在北方联邦总统林肯被刺杀十来天后，南部联盟国集结近8万军队，在戴维斯总统亲自布置下，由罗伯特万士兵、博雷加德准将率领波特马克军团3万士兵，加上戴维斯总统亲自率领的2万密西西比军团士兵，离开弗吉尼亚州，将华盛顿特区及马里兰州的东南部一线全部占领。
7月下旬，南部联盟国军队的前锋波特马克军团在博雷加德准将的率领下，从西面进入马里兰州，与驻扎在弗雷德里克镇上的北方联邦军队发生激战，北军不敌，放弃弗雷德里克撤退北方的亚当斯。
与此同时，东面的南部联盟国的北弗吉尼亚军团也在罗伯特李的指挥下，攻占了马里兰州的首府、美利坚合众国海军军官学校所在地安纳波利斯，不但将那里的两处造船厂给占领，还有近三百名海军军官和少量军舰都给俘虏。
然后，前方的工程兵已经将被北方联邦破坏的铁路修好，北弗吉尼亚军团和总统戴维斯亲自率领的密西西比军团乘坐火车赶往巴尔的摩。波特马克军团也从弗雷德里克经过霍华德，从西面逼近巴尔的摩。
入侵的南方联盟军队犹如蝗虫一般夺走了可以找到的一切财物，美元、铁器、牲畜、马匹、四轮车、食物和鞋子，并在所占领的城镇征收需要的物品，甚至俘获了一大批马里兰州抵抗的白人家的黑人奴隶，直接将他们解送弗吉尼亚拍卖给当地种植园主们为奴。不过，罗伯特李立刻注意到此举的不妥，他急忙向总统戴维斯建议，将缴获的一切实际性的财物，都采取以南部联盟国发行的债券交换，用这种以半价购买的方式交易这些缴获，对于那些奴隶，也就地消化，直接以现场种植园整体拍卖的方式交易，而不是将奴隶运回弗吉尼亚这样费力又麻烦的方式，这样会减少影响，不至于激起北方联邦国的仇恨。但戴维斯总统沉浸在胜利的喜悦之中，对于罗伯特李的建议并不理会。
因此，等三个军团赶到巴尔的摩附近，准备围攻巴尔的摩的时候，沿途的抢夺行为严重刺激着北方联邦的民众，让他们满腔怒火。加上北方联邦新的总统就位，财政部又从国外和纽约费城等银行家手中借来大笔金钱，有了军费，前期从北方各州招募的志愿兵陆续赶到，加上原本从华盛顿地区撤走的联邦兵力也退守在巴尔的摩，一时间，巴尔的摩地区集结了联邦的军队竟达11万人。
7月底，双方在巴尔的摩西南面和南面的野外发生激烈的交战。
南面，罗伯特李率领的北弗吉尼亚军团中的杰克逊石墙军（已经由旅扩编为军）最先遭遇抵抗的北方联邦军第一军，罗伯特李迅速作出反应，在短时间内调集其余的兵力迂回绕道赶到联邦第一军的侧面，趁早晨大雾视线不清，两面夹击同时发起进攻，但北方联邦士兵士气高昂，第一军军中约翰雷诺兹调度有方，将士兵集中在几处土坡上防守，抵挡住了波特马克军团的一次次进攻，虽然损失严重，但坚持到大雾散去，同时派人向其他在巴尔的摩的友军求助。可惜的是，还没等援军抵达，第一军军长约翰雷诺兹被杰克逊的狙击手射中毙命，第一军失去指挥又遭受夹击，到中午时候，在石墙军的奋力冲击下便很快溃败，联邦第一军付出将近一万人的伤亡、四千余人被俘的代价，几乎全军覆没，只留二千来人零散逃回巴尔的摩。
与此同时，西南面的博雷加德准将率领的波特马克军团也抵达一处叫木狗的小镇，与驻防在那里的联邦军一部发生激烈交火。木狗镇是个扇形的高地，北军之所以选择此地驻防，是因为其地形特殊，易守难攻。博雷加德听说西南面罗伯特李已经取得胜利，心念大动，率领波特马克军团主力近2万人向据守高地的联邦军队南北两翼发动总攻，激战至下午，联邦军阵地依旧岿然不动。
正当博雷加德准将亲自率领上万人往高地冲锋时，木狗镇高地上的一个名叫张伯伦的联邦上校发出一个让人意想不到的举动，他率领被打得只剩下一半的步兵旅，下令手下所有的士兵全部上刺刀，所有人站成一排，他亲自率领所有健全的士兵朝进攻的敌人冲锋。张伯伦的这一奇怪冲锋令波特马克军团这一部不知所措，张伯伦步兵旅顺斜坡冲锋至高地下的南方联盟军阵地，砍死砍伤数百人，打乱了博雷加德的进攻。而后，高地上的联邦军主力发现东面有联邦援军从巴尔的摩赶到，果断下令发起反攻，被憋得满腔怒火的联邦士兵势如猛虎，将高地下的南部联盟国士兵杀得溃不成军。博雷加德的波特马克军团兵力过于分散，不得已往后撤退。
不过，就在博雷加德的波特马克军团败退的时候，罗伯特李率领的北弗吉尼亚军团乘胜追击逃向巴尔的摩的北方联邦军第一军，而戴维斯总统亲自率领的2万密西西比军团士兵也赶到巴尔的摩，于是，两军一起，向巴尔的摩发起了进攻。
此刻即将天黑，在巴尔的摩西南部的北方联邦早就设置好的防线前，北弗吉尼亚军团作为先锋，战意高涨，不顾疲惫，在2发信号弹的升起来之后，87门火炮射出的炮弹铺天盖地冲向联邦军队的防线。防线阵地后的联邦炮兵也开始回击，双方火炮战在一起。
起初，联盟国的炮击非常准确，造成联邦守军严重伤亡。但随着几轮大炮之后，火炮的后坐力使炮架的架尾下沉，炮弹开始高飞起来，落到联邦守军的步兵阵地后面，这些守军蜷缩在防线的石墙和一些土墙后面躲藏着，并没收到多少伤害。