护龙军失去赣、粤、晋诸省，朝廷震动。

大明摄政王龙辰令定南王孔有德军于湖广积极动作，并以李九成定远大将军，统兵往湖广，协孔有德部；命吴三桂自锦州移镇汉中，活动于陕川，以为策应；命耿精忠、尚可喜率所部兵各两万，往征广东；同时，命将分路征剿叛军。为征金声桓，大明摄政王龙辰命谭泰为征南大将军，同何洛会、刘良佐等征江西。该部克九江、饶州（今饶阳），围南昌孤城凡六个月，至大明摄政王六年（1649年）正月，用红衣大炮破城，金声桓死。

同月，护龙军攻占湘潭，擒杀明东阁大学士何腾蛟，衡、永、宝、郴等州下。

二月，护龙军突袭江西信丰之李成栋营，李成栋死。

赣、湘失而复得。

对姜壤，赵一名先统兵围大同。随之，大明摄政王龙辰调祖宽部急援大同；六年正月，命大军先讨汾州，后围大同。

四月，复遣诸路援军前往大同。其间，龙辰两次亲往大同，多次谕降大同叛军；

八月，叛军内讧，护龙军入城。山西复平。

广西方面，大明摄政王六年十二月李九成所部先败三路攻全州之南明军，再败道州之南明军，于大明摄政王七年（1650年）正月班师回京。

孔有德军至七年四月间征战于湖南，先后于衡州、永州、武岗、龙虎关战胜南明军。

十一月入严关，攻克桂林。八年（1651年）十二月取宾州（今宾阳）、南宁。广东方向，耿仲明、尚可喜部于六年九月至吉安，后由南雄入广东。在围困广州十个月后，于七年十一月攻陷广州。八年，下肇庆，复雷、廉、潮、惠等府。两广悉平。陕川方面，吴三桂部先下陕西延安、榆林、保安诸城，大明摄政王九年（1652年）二月入川，战胜大西军白文选部，入成都，下嘉定，取重庆。在护龙军进展顺利，节节取胜之际，大西农民军余部，在孙可望、李定国等率领下，积极经营云贵数年，力量壮大。九年初，孙可望迎永历帝于云南府，挟天子以令诸侯。

南明军势复振。三月，孙可望命两路出师，争夺广西、四川。以李定国、冯双礼率兵8万，出湖广，由武岗、全州趋桂林；以刘文秀、卫复臣率兵6万，出川南，由叙州、重庆进围成都。六月，孔有德迎战李定国部于大榕江，迫于其象阵，退守桂林。七月，桂林被李定国部攻破，孔有战败突围受伤。

大明摄政王龙辰急调自己十七岁的长子龙傲为定远大将军，往征广西以援耿、尚部；命吴三桂部于四川阻止南明。

十一月龙辰又命孙承宗之孙，自己的义子孙建功为靖南将军率军增援广东，以防李定国部东进。

二十三日，定远大将军龙傲率师15万，号称30万，进攻衡州，误中李定国伏，结果龙傲率部死战，最终率军反击成功，击败了李定国部，挫败了李定国的埋伏。

大明摄政王十年（1653年）五月，龙辰派洪承畴经略湖广、云、贵等省，制定了先安湖广，后平云贵，严防重镇，互为犄角的方略。