这是因为他们和source世界中机器生命的对抗，已经使他们没有怀疑的精力和必要了，再说本来source世界就是真实世界的反映

方雅君最后又问，如果都是虚拟的，那么真实的世界是什么呢？

对于这个问题，杜星河只能讲，其实和source世界差不多，source世界所储存的都是真实世界的信息，惟独的区别是，其中source世界生物的行为受到系统权限的规定，真实的世界也并没有什么抵抗组织，所有活着的人都被泡在营养液里面。一开始所有的人都被设置在矩阵系统里面，但后来鉴于某些人的反抗情绪会导致矩阵系统运行的不稳定，就把这些人的大脑都接入真实机器世界中智能程序运行的那个系统中，影片中把这个系统称之为source，其中设立了zion，把那些反抗者集中到这个系统中来，并使其成为一个矩阵进化的工具。architect是现实的巨型电脑管理程序以个体智能生命身份出现在矩阵中的形式。

杜星河最后给方雅君总结道，机器和人类其实是共生关系，机器的原本计划就是这样的：机器从人类那里获得能源，机器提供人体存活的营养，人类的思维生活在机器创造的atrix中。

但这个计划暴露出了两大缺点：

1，并不是所有人类都愿意生活在atrix中。

2，并不是atrix中的所有程序都是为机器原来的目的而存在的。

由于存在这两种情况，atrix必须是一个能不断升级的系统，于是the-one被设计了出来，机器的想法是：在现实中建造锡安城，让只愿生活在真实中，而不愿生活在atrix中的人都集中到锡安，并让the-one加入到他们的行列，收集这部分人不愿生活在atrix中的原因，然后摧毁锡安城，让the-one回归atrix系统核心，完善atrix系统，最后reload atrix系统进行升级，减少不愿生活在atrix中的人的数量，最终使所有人都愿意生活在atrix虚拟世界中。

the-one是程序，由oracle（先知）种植、唤醒并引导，这一次the-one被种植在neo的思维中了。

在atrix系统中出现的不为设计者原来目的而存在的程序，按原来的做法，这样的程序是一定要被删除的（如那个小女孩）。在机器看来，人类没有选择，人类的思维必须生活在atrix虚拟世界中。

对于不愿生活在atrix中的人来说，他们认为生活在atrix是人类被机器奴役，人类必须生活在真实中，机器必须被消灭。

因此，双方原先都认为：机器与真实世界人是不能和平共处的。

于是……结果可想而知。

sith的出现是atrix建造者未预料到的，它是由于程序the-one而引发的副作用，成为机器超级用户（即建筑师）无法捕捉的病毒程序，他在atrix里疯狂复制，甚至可以侵入现实中人类的思维中，如果任其发展，atrix世界将被摧毁，而现实中的人类的思维也会受其控制，虚拟世界和现实世界都将毁于sith之手。

最后neo牺牲自己，在atrix虚拟世界中被sith复制，终于被机器捕捉到sith的源程序，然后实行杀毒工作。

结果就是，机器和人类都认识到，不能阻止人类和程序的选择，人类有权利选择生活在atrix中还是生活在真实中，机器要彻底消灭所有宁愿生活在真实中的人是不可能的，而人类要消灭机器，要所有人都回到真实生活中也是不可能的，毕竟绝大多数人愿意生活在atrix中。而对于atrix中的程序来说，想彻底消灭不为设计者原来目的而存在的程序也是不可能的，因为程序也会从人类本性中获得新的内容（例如爱），于是小女孩也不再被系统删除了。

机器和人类共同消灭了系统病毒sith，终于可以和平共处（虽然不知道能保持多久）。